Las glaciaciones del Pleistoceno tuvieron un profundo impacto en la distribución espacial y la composición genética de las especies en los ecosistemas templados. Mientras que el período glacial atrapó a varias especies en refugios glaciares y causó un abrupto declive en grandes poblaciones, el período interglacial facilitó el crecimiento poblacional y la expansión de rangos, lo que llevó a la especiación alopátrica. Aquí, analizamos 40 genomas de cuatro especies de íbices y encontramos que el íbice del Himalaya en las montañas Pamir evolucionó de manera independiente después de separarse de su rango principal hace aproximadamente 0.1 millones de años, siguiendo el concepto de bomba de especies del Pleistoceno. Las trayectorias demográficas mostraron que el íbice del Himalaya experimentó dos cuellos de botella históricos, uno cada c. 0.8-0.5 millones de años y c. 50-30 mil años, con una expansión poblacional intermedia grande c. 0.2-0.16 millones de años coincidiendo con las Transiciones del Medio Pleistoceno. Sustentamos con evidencia multidimensional que el íbice del Himalaya es una especie filogenética evolutivamente distinta del íbice siberiano, que debe ser priorizada para la revisión taxonómica y la planificación de conservación a escala regional y global.