El sistema de arroz sembrado directamente (DSR), conocido por sus ventajas como la conservación del agua y la adaptabilidad al clima, enfrenta pérdidas significativas en el rendimiento debido a las malas hierbas, especialmente el arroz salvaje. En este estudio, identificamos rasgos genéticos que mejoran la germinación temprana de semillas (ESG) y el vigor de plántulas (ESV) en el arroz, factores clave para la competitividad frente a las malas hierbas. El uso de una población de mapeo de 181 líneas de cría derivadas del programa de cría de Arroz Super Verde reveló 19 loci de rasgos cuantitativos (QTL), 17 de los cuales son novedosos, vinculados a la competitividad frente a las malas hierbas. Estos QTL, ubicados en ocho cromosomas de arroz, destacan genes candidatos involucrados en las respuestas al estrés. Los hallazgos apoyan la selección asistida por marcadores y la selección genómica para la cría de variedades de arroz competitivas frente a las malas hierbas. Este trabajo también enfatiza el potencial de los estudios de expresión génica, la clonación y la edición CRISPR para mejorar el manejo de malas hierbas. Al mejorar la competitividad natural del arroz frente a las malas hierbas, esta investigación contribuye a una agricultura sostenible de DSR con menor dependencia de herbicidas, mayor estabilidad en el rendimiento y mejor eficiencia en el uso de recursos.