El estrés frío es un factor ambiental importante que afecta negativamente la germinación de semillas en el maíz dulce, lo que resulta en tasas de germinación y rendimiento reducidos. El maíz dulce es más susceptible al estrés frío que otros cultivos, especialmente durante la germinación. Este estudio tiene como objetivo identificar polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) y genes candidatos relacionados con la tolerancia al frío durante la germinación. Evaluamos rasgos fenotípicos asociados con la germinación en frío y realizamos un análisis de asociación a nivel genómico (GWAS). Se encontraron un total de nueve SNP que estaban significativamente asociados con la germinación en frío. Se identificaron catorce genes candidatos relacionados con la germinación en frío dentro del intervalo de confianza. Estos hallazgos proporcionan valiosos conocimientos teóricos y prácticos para comprender la base genética de los rasgos de germinación y para la obtención de variedades de maíz dulce tolerantes al frío.