Los juncos comunes, plantas vitales de los humedales, enfrentan desafíos debido a los cambios ambientales. Para entender cómo se adaptan los juncos costeros, creamos 15 marcadores genéticos para estudiar cuatro grupos de juncos en los humedales de Shanghái. Los resultados revelaron una alta diversidad genética en general, pero un grupo (DD) mostró una menor diversidad, probablemente debido al estrés por sal y la competencia de especies invasoras. Los juncos se dividieron en dos clústeres, moldeados tanto por la geografía como por las condiciones ambientales, pero mantuvieron cierta mezcla genética. Este trabajo ayuda a identificar poblaciones de juncos resilientes, apoya los esfuerzos de conservación para sostener los juncos en entornos cambiantes e informa estrategias para proteger los humedales, que son cruciales para la biodiversidad y la salud costera.