La organización tridimensional del genoma ha sido cada vez más reconocida como un determinante importante de la regulación precisa de la expresión génica en células mamíferas, sin embargo, la relación entre la actividad de transcripción génica y la posición de los subcompartimentos espaciales aún no se comprende completamente. Aquí, primero utilizamos datos de Hi-C a nivel del genoma para inferir ocho tipos de subcompartimentos (etiquetados A1, A2, A3, A4, B1, B2, B3 y B4) en células madre embrionarias de ratón y cuatro tipos de células diferenciadas primarias, incluyendo timocitos, macrófagos, células progenitoras neuronales y neuronas corticales. Las transiciones de subcompartimentos pueden conferir cambios en la expresión génica en diferentes tipos de células. Curiosamente, identificamos dos subconjuntos de subcompartimentos definidos por una mayor densidad génica y caracterizados por dominios de contacto fuertemente lazo, llamados A1 común y A1 variable, respectivamente. Revelamos que el A1 común, que incluye genes altamente expresados y abundantes genes de mantenimiento, muestra una densidad génica ~2 veces mayor que el A1 variable, donde los genes específicos de tipo celular están significativamente enriquecidos. Así, nuestro estudio apoya un modelo en el que ambos tipos de loci genómicos con actividad transcripcional constitutiva y reguladora alta pueden impulsar la formación del subcompartimento A1. La disposición especial de los subcompartimentos de cromatina y las interacciones intradominio pueden, a su vez, contribuir a mantener niveles adecuados de expresión génica, especialmente para genes no de mantenimiento reguladores.