La aislamiento de islas ha desempeñado un papel significativo en la formación de las historias evolutivas únicas de muchas especies de flora y fauna, incluidos los murciélagos. Un ejemplo notable es el pipistrelo de Madeira, que habita en los archipiélagos macaronésicos de las Azores, Madeira y las Islas Canarias. A pesar de la alta importancia biogeográfica y de conservación de esta especie, hay información limitada sobre su ecología e historia evolutiva en diferentes archipiélagos. En nuestro estudio, empleamos modelos de distribución de especies (MDE) para identificar hábitats adecuados para el pipistrelo de Madeira y determinar los factores ambientales que influyen en su distribución. Además, realizamos comparaciones moleculares utilizando datos de ADN mitocondrial de varias islas macaronésicas. Los análisis moleculares proporcionaron evidencia convincente de la presencia de Unidades Evolutivamente Significativas distintas en los diferentes archipiélagos. Identificamos haplotipos distintos en las poblaciones de Madeira y las Islas Canarias, con una distancia genética que varía desde un mínimo del 2.4% hasta un máximo del 3.3% entre muestras de diferentes archipiélagos. En apoyo a esto, los MDE destacaron disimilitudes relevantes entre los requisitos ambientales de las poblaciones de los tres archipiélagos, particularmente el nicho climático. Nuestra investigación demuestra que son necesarias investigaciones más profundas que combinen áreas ecológicas, morfológicas y genéticas para implementar estrategias de conservación adaptadas.