La contradicción entre el desarrollo económico y la protección ecológica se ha convertido en un desafío común para la gobernanza territorial en los países en desarrollo de todo el mundo. Sin embargo, los estudios existentes han descuidado la relación de acoplamiento y simbiosis entre los humanos y la naturaleza, lo que resulta en conflictos funcionales significativos, inestabilidad insuficiente y desequilibrios en los beneficios ecológicos y económicos en la reconstrucción del patrón funcional espacial territorial (PFET), dificultando así la consecución de sinergias entre el desarrollo y la protección. La pregunta que surge es cómo se puede reconstruir el PFET para lograr una coexistencia armoniosa entre los humanos y la naturaleza. Este sigue siendo un problema desafiante en el contexto de la sinergia entre el desarrollo y la protección del PFET. Este estudio integra de manera innovadora principios de teoría de conjuntos y mapeos funcionales con análisis de teoría de juegos para desarrollar un modelo de Reconstrucción del Patrón Funcional Espacial Territorial (RPFET) diseñado para fomentar la coexistencia armoniosa entre humanos y naturaleza, y valida el modelo utilizando datos geoespaciales de la ciudad de Qionglai, China. La evidencia empírica demuestra que, en comparación con los métodos convencionales, el modelo RPFET mitiga significativamente los conflictos funcionales espaciales territoriales (CFET), mejora la estabilidad y los beneficios ecológicos y económicos, y logra la coexistencia armoniosa esperada entre humanos y naturaleza. El análisis confirma que el índice de coordinación de conflictos funcionales espaciales territoriales (CFET) establecido en este estudio proporciona un criterio fiable para identificar funciones espaciales territoriales superiores (FEST). El modelo RPFET propuesto es una expansión de la teoría de modelado de optimización espacial y proporciona una herramienta para reconstruir el PFET para la coexistencia armoniosa entre humanos y naturaleza. En resumen, la utilización del modelo RPFET para reconstruir el PFET para la coexistencia armoniosa entre humanos y naturaleza proporciona una solución novedosa para coordinar el desarrollo y la protección de la gobernanza del espacio territorial.