Como una fuerza impulsora importante, la introgressión desempeña un papel esencial en la evolución de las especies de plantas. Sin embargo, el conocimiento sobre cómo la introgressión afecta la evolución de las plantas en agroecosistemas con fuertes influencias humanas sigue siendo limitado. Para generar dicho conocimiento, utilizamos huellas moleculares de InDel (inserción/borrado) para determinar el nivel de introgressión de cultivares de arroz en el tipo de arroz silvestre. También analizamos el impacto de la introgressión de cultivos a malezas en la diferenciación genética y la diversidad del arroz silvestre, utilizando huellas moleculares de InDel (inserción/borrado) y SSR (repetición de secuencia simple). Los resultados basados en el análisis de STRUCTURE indicaron una evidente mezcla de algunas muestras de arroz silvestre con componentes, sugiriendo diferentes niveles de introgressión de cultivares de arroz al tipo de arroz silvestre. Los análisis de coordenadas principales indicaron diferenciación genética entre las muestras de arroz silvestre, que estaba positivamente correlacionada con la introgressión de alelos específicos de arroz de los cultivares. Además, el aumento de la introgressión de cultivos a malezas formó un patrón parabólico de diversidad genética dinámica en el arroz silvestre. Nuestros hallazgos basados en este estudio de caso proporcionan evidencia de que las actividades humanas, como el cambio frecuente en las variedades de cultivos, pueden influir fuertemente en la evolución de las malezas al alterar la diferenciación genética y la diversidad genética a través de la introgressión de cultivos a malezas en agroecosistemas.