Los avances recientes en microscopía han permitido obtener imágenes a resolución celular de muestras de tejido grueso e incluso de órganos completos. La opacidad natural de los órganos y tejidos actúa como una barrera para la penetración de la luz y debe eliminarse para visualizar las estructuras de interés en una escala tridimensional. Los métodos de aclaramiento óptico de tejidos logran la transparencia de la muestra y, al mismo tiempo, preservan los epítopos marcados con fluorescencia. Este enfoque innovador de preparación de muestras mejora de manera efectiva los cortes histológicos tradicionales y, con la ayuda de la microscopía de lámina de luz, permite el seccionamiento óptico y la reconstrucción tridimensional de órganos completos, incluso de cerebros completos. La microscopía de lámina de luz aplicada a muestras cerebrales aclaradas ópticamente es un método valioso en neurociencia y se utiliza en investigaciones sobre neurooncología, lesión cerebral traumática, lesión cerebral isquémica y enfermedades neurodegenerativas. En esta revisión describimos los métodos de aclaramiento óptico de tejidos utilizados para lograr la transparencia óptica en muestras cerebrales. Este campo, en rápido desarrollo, tiene un potencial significativo para generar aplicaciones de vanguardia en la investigación en neurociencia.