Los métodos de metabarcoding para estudiar la diversidad de microalgas de agua dulce y el biomonitoreo rutinario se utilizan activamente en la investigación moderna. Ya se ha acumulado mucha experiencia y se han resuelto muchas cuestiones metodológicas (como la influencia de los métodos y el tiempo de conservación de muestras, la extracción de ADN y el procesamiento bioinformático). La reproducibilidad del método ha sido probada y confirmada. Sin embargo, uno de los principales problemas, la elección de un marcador genético para el estudio, aún carece de una respuesta clara. Analizamos 70 publicaciones y descubrimos que los estudios sobre microalgas eucariotas de agua dulce utilizan 12 marcadores (diferentes regiones nucleares 18S e ITS y plastidios L, 23S y 16S). Cada marcador tiene sus peculiaridades; amplifican de manera diferente y tienen varios niveles de eficiencia (variabilidad) en diferentes grupos de algas. Las regiones V4 y V9 18S y L se utilizan con mayor frecuencia. Nos concentramos especialmente en los estudios que comparan los resultados del uso de diferentes marcadores y la microscopía. Resumimos los datos sobre los cebadores para cada región y sobre cómo la elección de un marcador afecta la composición taxonómica de una comunidad.