Un paso crítico en la cascada de inmunogenicidad se atribuye a la presentación del antígeno leucocitario humano (HLA) II que desencadena respuestas inmunitarias de células T. El ensayo de proteómica de péptidos asociados al complejo mayor de histocompatibilidad (MHC) II basado en cromatografía líquida-espectrometría de masas en tándem (LC-MS/MS) se implementa durante las evaluaciones de riesgo preclínicas para identificar epítopos de células T derivados de bioterapéuticos. Aunque los estudios indican que los alelos HLA-DP y HLA-DQ están vinculados a la inmunogenicidad, la mayoría de los estudios de MAPPs se limitan a usar HLA-DR como el genotipo HLA II dominante debido a la falta de anticuerpos inmunoprecipitados bien caracterizados. Aquí, abordamos este problema probando varios clones comercialmente disponibles de anticuerpos pan MHC-II (CR3/43, WR18 y Tü39), HLA-DP (B7/21) y HLA-DQ (SPV-L3 y 1a3) en el ensayo de MAPPs, y caracterizando los péptidos identificados según la especificidad de unión. Nuestros resultados revelan que los reactivos precipitantes del receptor HLA II con especificidades reportadas similares difieren según la clonalidad y que los anticuerpos pan MHC-II no exhiben completamente tendencias pan-específicas. Dado que ningún clon de anticuerpo individual es capaz de recuperar el repertorio completo de péptidos HLA II, recomendamos una estrategia mixta de los clones L243, WR18 y SPV-L3 en un solo paso de inmunoprecipitación para una detección de péptidos específicos de compuestos más robusta. En última instancia, nuestra estrategia optimizada de MAPPs mejora la predictibilidad y la identificación adicional de epítopos de células T en evaluaciones de riesgo de inmunogenicidad.