El mercurio (Hg) ha sido ampliamente estudiado debido a su impacto en el medio ambiente y la salud, pero sus efectos en las poblaciones de mamíferos silvestres aún se conocen poco. Por lo tanto, el uso de biomonitores ha ganado importancia. Nuestro objetivo fue informar y comparar, por primera vez, la cantidad de mercurio en pequeños mamíferos pertenecientes a tres gremios tróficos y proporcionar una perspectiva inicial de toxicología en el Valle de Mezquital, un área críticamente contaminada del centro de México. Cuantificamos el Hg total del pelo y el hígado de un murciélago nectarívoro, un murciélago insectívoro y un ratón granívoro utilizando espectrometría de absorción atómica durante las estaciones seca y de lluvias. Comparamos las concentraciones de mercurio entre estaciones, especies y matrices. En todas las especies, el contenido promedio de mercurio fue mayor en el pelo que en el hígado, y no hubo correlación entre matrices. No hubo diferencia en el contenido de mercurio entre especies. Las concentraciones de Hg en los hígados de los murciélagos fueron más bajas durante la estación seca que durante la estación de lluvias, lo que sugiere un declive estacional en la disponibilidad de mercurio. Todos los valores detectados estuvieron por debajo del umbral de neurotoxicidad reportado en pequeños mamíferos (10 ppm); sin embargo, proponemos un monitoreo constante de Hg en su entorno y confirmamos la utilidad de estas especies como biomonitores.