El análisis metagenómico mide la diversidad del microbioma en muestras sin enriquecimiento previo. Los avances en la secuenciación de alto rendimiento (HTS) han ampliado su uso desde la identificación de organismos conocidos hasta el diagnóstico de enfermedades. Los resultados fiables necesitan una fuerte validación con muestras estándar y bases de datos de controles reales y sintéticos. Presentamos el Generador de Estándares Metagenómicos (MeStanG), una herramienta para crear conjuntos de datos de HTS Nanopore para probar pipelines bioinformáticos. MeStanG permite a los usuarios diseñar y generar muestras con números específicos de lecturas para cada organismo a partir de secuencias de referencia y perfiles de error. La precisión se probó simulando muestras metagenómicas con diversidades y abundancias conocidas expresadas como número de lecturas. El análisis mostró resultados que coincidían con la composición de organismos esperada en las muestras. MeStanG es una herramienta valiosa para que los científicos creen muestras metagenómicas simuladas útiles en estudios de validación de ensayos diagnósticos y evalúen el rendimiento de los pipelines bioinformáticos utilizando muestras simuladas.