El microbioma de la rizósfera juega un papel crucial en el mantenimiento de la salud del huésped. Las especies beneficiosas en la rizósfera pueden producir metabolitos que suprimen directamente a los patógenos. Sin embargo, los efectos regulatorios de estos metabolitos sobre el microbioma de la rizósfera, y si esta regulación contribuye a la supresión de patógenos, siguen siendo poco explorados. En este estudio, utilizamos secuenciación de alto rendimiento para investigar las diferencias en los microbiomas de la rizósfera entre tratamientos con metabolitos fúngicos beneficiosos y controles. Además, empleamos ensayos de aislamiento e inhibición in vitro para validar el papel de los metabolitos fúngicos beneficiosos en la reclutación de microorganismos beneficiosos. Nuestros hallazgos proporcionan valiosos conocimientos para el desarrollo de estrategias que aprovechen los metabolitos de especies beneficiosas para modular los microbiomas de la rizósfera, potencialmente mejorando la productividad de los cultivos.