El uso agrícola es, con mucho, el mayor consumidor de agua dulce en todo el mundo, especialmente en el Mediterráneo, donde ha alcanzado niveles insostenibles, lo que representa una seria amenaza para los recursos hídricos. Tener una buena estimación del agua utilizada en un área agrícola ayudaría a los gestores de agua a crear incentivos para el ahorro de agua a nivel de agricultores y cuencas, y a cumplir con las demandas de la Directiva Marco del Agua de la Unión Europea. Este trabajo presenta una metodología integrada para estimar el uso del agua en áreas agrícolas mediterráneas. Se basa en métodos bien establecidos para estimar la evapotranspiración real a través de flujos de energía superficial, personalizados para un mejor rendimiento bajo las condiciones mediterráneas: tamaños de parcelas pequeños, patrones de cultivo detallados y falta de datos necesarios. La metodología ha sido probada y validada en la llanura agrícola del río Strimonas (Grecia) utilizando una serie temporal de imágenes satelitales de Terra MODIS y Landsat 5 TM, y se ha utilizado para producir un mapa de uso del agua estacional con alta resolución espacial. Finalmente, se ha diseñado una herramienta para implementar la metodología con una interfaz fácil de usar, con el fin de facilitar su uso operativo.