La Enriquecimiento de mRNAs Dirigidos por miRNA en Polirribosomas Menos Activos en Traducción sobre Polirribosomas Más Activos
Autores: Wang, Tingzeng; Tian, Shuangmei; Tikhonova, Elena B.; Karamyshev, Andrey L.; Wang, Jing J.; Zhang, Fangyuan; Wang, Degeng
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 4
Citaciones: Sin citaciones
Los miARNs inhiben moderadamente la traducción y mejoran la degradación de sus mARNs objetivo a través de sitios de unión cognados ubicados predominantemente en las regiones no traducidas 3" (UTR). Paradójicamente, los objetivos de los miARNs también están asociados a polisomas. Estudiamos la asociación de polisomas mediante el perfilado comparativo de polisomas ligeros, menos activos, y polisomas pesados, más activos, de una línea celular humana tipo salvaje (WT) y su mutante isogénico (MT) con un gen DICER1 interrumpido y, por lo tanto, producción de miARNs maduros. Como era de esperar, la longitud del marco de lectura abierto (ORF) es un determinante importante de las proporciones de abundancia de mARN de polisomas ligeros a pesados, pero se vuelve menos poderosa en células WT que en células MT debido a las actividades regulatorias de los miARNs. También observamos que los miARNs tienden a dirigirse a mARNs con ORFs más largos, y que ajustar la proporción de abundancia de mARN con la longitud del ORF mejora su correlación con el conteo de sitios de unión de miARN en la 3"UTR. En células WT, los mARNs dirigidos por miARN exhiben mayor abundancia en polisomas ligeros en relación con los pesados, es decir, enriquecimiento en polisomas ligeros. En células MT, la interrupción de DICER1 no solo abrogó significativamente el enriquecimiento en polisomas ligeros, sino que también redujo el rango de valores de la proporción de abundancia de mARN. Además, la abrogación del enriquecimiento debido a la interrupción del gen DICER1, es decir, la disminución de la proporción de abundancia de mARN ajustada por la longitud del ORF de células WT a células MT, exhibe una correlación lineal casi perfecta con el conteo de sitios de unión en la 3"UTR. Los factores de transcripción y las quinasas de proteínas son los dos grupos de mARN más enriquecidos. En conjunto, los resultados proporcionan evidencia del enriquecimiento en polisomas ligeros de mARNs dirigidos por miARN para reconciliar la asociación de polisomas y la inhibición moderada de la traducción, y que la longitud del ORF es un parámetro de regulación del transcriptoma importante, aunque actualmente subestimado.
Descripción
Los miARNs inhiben moderadamente la traducción y mejoran la degradación de sus mARNs objetivo a través de sitios de unión cognados ubicados predominantemente en las regiones no traducidas 3" (UTR). Paradójicamente, los objetivos de los miARNs también están asociados a polisomas. Estudiamos la asociación de polisomas mediante el perfilado comparativo de polisomas ligeros, menos activos, y polisomas pesados, más activos, de una línea celular humana tipo salvaje (WT) y su mutante isogénico (MT) con un gen DICER1 interrumpido y, por lo tanto, producción de miARNs maduros. Como era de esperar, la longitud del marco de lectura abierto (ORF) es un determinante importante de las proporciones de abundancia de mARN de polisomas ligeros a pesados, pero se vuelve menos poderosa en células WT que en células MT debido a las actividades regulatorias de los miARNs. También observamos que los miARNs tienden a dirigirse a mARNs con ORFs más largos, y que ajustar la proporción de abundancia de mARN con la longitud del ORF mejora su correlación con el conteo de sitios de unión de miARN en la 3"UTR. En células WT, los mARNs dirigidos por miARN exhiben mayor abundancia en polisomas ligeros en relación con los pesados, es decir, enriquecimiento en polisomas ligeros. En células MT, la interrupción de DICER1 no solo abrogó significativamente el enriquecimiento en polisomas ligeros, sino que también redujo el rango de valores de la proporción de abundancia de mARN. Además, la abrogación del enriquecimiento debido a la interrupción del gen DICER1, es decir, la disminución de la proporción de abundancia de mARN ajustada por la longitud del ORF de células WT a células MT, exhibe una correlación lineal casi perfecta con el conteo de sitios de unión en la 3"UTR. Los factores de transcripción y las quinasas de proteínas son los dos grupos de mARN más enriquecidos. En conjunto, los resultados proporcionan evidencia del enriquecimiento en polisomas ligeros de mARNs dirigidos por miARN para reconciliar la asociación de polisomas y la inhibición moderada de la traducción, y que la longitud del ORF es un parámetro de regulación del transcriptoma importante, aunque actualmente subestimado.