Las regiones intrínsecamente desordenadas (IDRs) de los factores de transcripción desempeñan un papel biológico importante en la formación de condensados líquidos y la regulación génica. Por lo tanto, es deseable investigar la capacidad de los IDRs para ser diana de fármacos y cómo los ligandos de pequeñas moléculas pueden alterar su estabilidad conformacional. Para el receptor de andrógenos (AR), ciertos ligandos covalentes inducen cambios importantes, como la neutralización del condensado. Para entender la especificidad de la interacción ligando-IDR y las posibles implicaciones para el mecanismo de neutralización de la separación de fases líquido-líquido (LLPS), modelamos y realizamos simulaciones por computadora de segmentos de péptidos unidos a ligandos obtenidos del AR humano. Analizamos cómo diferentes ligandos covalentes afectan la estructura secundaria local, el mapa de contactos de proteínas y los contactos proteína-ligando para estos sistemas proteicos. Encontramos que los neutralizadores efectivos realizan interacciones específicas (como las entre cianopirazol y triptófano) que alteran la propensión helicoidal de los segmentos de péptidos. Estos hallazgos sobre el mecanismo de acción pueden ser útiles para diseñar moléculas que influyan en la estructura del IDR y el condensado del AR en el futuro.