Se presenta un método pasivo para la teledetección de la molesta alga verde Cladophora glomerata en ríos utilizando un vehículo aéreo no tripulado (VANT). Se incluyen métodos para la operación del VANT, corrección de distorsión de lentes, georreferenciación de imágenes y análisis espectral para apoyar el mapeo de la cobertura algal. Se llevaron a cabo dieciocho misiones de fotografía aérea durante el verano de 2013 utilizando un VANT comercial y un sensor de cámara digital de tres bandas, gran angular, rojo, verde y azul (RGB). Las imágenes fueron procesadas, mosaiqueadas y georreferenciadas para que se pudiera completar la clasificación y el mapeo automatizados. Se utilizaron un estimador de coseno adaptativo (ACE) y un algoritmo de mapeo de ángulo espectral (SAM) para completar la identificación de algas. El análisis digital de imágenes ópticas identificó correctamente algas filamentosas y cobertura de fondo el 90% y el 92% de las veces, y los coeficientes tau fueron 0.82 y 0.84 para ACE y SAM, respectivamente. Posteriormente, se caracterizó la cobertura algal para un segmento de canal de un kilómetro durante cada uno de los 18 vuelos del VANT. El porcentaje de cobertura varió de <5% a >50%, y aumentó inmediatamente después de la crecida vernal, alcanzó su punto máximo a mediados del verano y disminuyó en otoño. Los resultados indican que la teledetección óptica con VANT tiene potencial para completar mediciones espaciales precisas y multitemporales de algas o vegetación acuática sumergida en ríos poco profundos con baja turbidez y buena transmisión óptica.