El metopismo es una condición en la que la sutura metópica, que generalmente se cierra dentro del primer año postnatal, persiste en individuos adultos, y el hueso frontal es bipartito. Investigaciones comparativas han demostrado que el metopismo está asociado con una configuración específica de la bóveda craneal, un cierre retrasado de las suturas principales, la presencia de huesos supernumerarios y un subdesarrollo del seno frontal. Sin embargo, no hay datos comparativos sobre la morfología endocraneal en esta condición. En este estudio, nuestro objetivo fue probar la hipótesis de que en el metopismo las diferencias en la bóveda también están relacionadas con diferencias en la morfología endocraneal. Para este propósito, comparamos las series metópicas y de control utilizando análisis morfométrico y enfoques de aprendizaje automático. Los resultados obtenidos mostraron que en el metopismo las secciones anteriores de la base craneal, así como la bóveda, eran específicas, y este hallazgo confirmó nuestra hipótesis. Sin embargo, las peculiaridades de la base y la bóveda se expresaron en diferentes direcciones. Esta discrepancia mostró que, además del desarrollo estrechamente interrelacionado de la base craneal y la bóveda, en el metopismo la morfología de la bóveda no reflejaba completamente la morfología de la base y viceversa.