La evaluación de la composición de especies dentro de los ecosistemas de peces de río se ha basado en gran medida en encuestas de pesca, que son tanto intensivas en tiempo como en mano de obra. La tecnología de ADN ambiental (eDNA) ha avanzado significativamente en el campo del monitoreo biológico utilizando muestreadores de ADN ambiental pasivos (PEDS) en lugar de los métodos tradicionales de filtración activa de agua. En este estudio, se utilizaron cuatro tipos diferentes de filtros para evaluar su capacidad para capturar eDNA de muestras de agua que variaban de homogéneas a heterogéneas. Los cuatro filtros capturaron eDNA de manera efectiva, con una detección consistente de especies de peces en ambientes acuáticos. Nuestro estudio determinó que los patrones de distribución de especies de peces tanto nativas como no nativas en el río Lancang estaban predominantemente influenciados por variables como la elevación, la conductividad eléctrica, la salinidad y la clorofila-a. La aplicación de la tecnología de eDNA para la evaluación rápida de la diversidad de peces en extensos ecosistemas fluviales tiene implicaciones cruciales para el monitoreo y la gestión sostenida de la biodiversidad en regiones protegidas.