El objetivo de este estudio fue analizar los factores que influyen en las variaciones espaciales y temporales del conjunto de oligoquetos en los ríos Baía e Ivinhema, ubicados en la llanura aluvial del Alto Paraná (Mato Grosso do Sul, Brasil). Se recolectaron muestras de oligoquetos entre febrero de 2000 y noviembre de 2007. Se identificaron 27 especies de oligoquetos. Se utilizó un Análisis de Componentes Principales (ACP) de las variables físicas y químicas para resumir la variación total de los datos e identificar los principales gradientes ambientales. Se realizó un Análisis de Correspondencias Destrenzada (ACD) para verificar posibles gradientes espaciales y temporales en la distribución de las especies de oligoquetos. Los valores más altos de densidad y riqueza de especies de oligoquetos se registraron durante las limnofases. La intensidad y amplitud de la potamofase influyeron en la densidad, riqueza y composición de los oligoquetos, ya que muchas especies fueron transportadas por las altas velocidades de las corrientes de agua o murieron debido a los bajos niveles de oxígeno característicos de esta fase. L. hoffmeisteri, P. descolei y A. pigueti se registraron en la potamofase y en la limnofase, y concluimos que están adaptadas a diferentes condiciones fluviales (lóticas y lénticas) debido a la presencia de estas especies durante todo el período de estudio en ambos ríos. Sin embargo, estas especies fueron dominantes en los períodos de potamofase de estos ríos, ya que presentan adaptaciones corporales para sobrevivir en estas condiciones.