Las abejas melíferas son esenciales tanto para la naturaleza como para la agricultura. Sin embargo, su diversidad genética puede disminuir debido a influencias ambientales y humanas. Este estudio revela el trasfondo genético de la abeja panónica, la única raza de abeja oficialmente reconocida en Hungría. Se compararon individuos que cumplen con el estándar de la raza con aquellos que presentan trastornos morfológicos (color amarillo del abdomen). Además, investigamos abejas carniolanas de otros dos países europeos y otras subespecies que pueden haberse hibridado con la abeja nativa húngara en el pasado. Nuestros resultados indicaron que la abeja panónica pertenece a la línea evolutiva C, que representa las subespecies del Norte del Mediterráneo. Mostraron un bajo nivel de endogamia con un nivel adecuado de diversidad genética, lo que sugiere grupos de abejas estables. Además, las abejas con defectos morfológicos se están volviendo gradualmente genéticamente distintas de la abeja panónica estándar y más similares a las abejas carniolanas. Estos hallazgos ayudan a confirmar la identificación de la raza de la abeja panónica y proporcionan información útil para la apicultura y la conservación genética, asegurando la sostenibilidad a largo plazo de las poblaciones de abejas melíferas.