Se realizó un censo de peces en 35 tramos fluviales (de primer a tercer orden) con evaluación fisicoquímica y del hábitat en el sistema de São José dos Dourados, sureste de Brasil. La mayor parte de la cobertura terrestre de la cuenca (77,4%) se destina a pastoreo. De los tramos fluviales muestreados, 24 presentaron buena calidad fisicoquímica, 10 regular y solo uno deficiente. Una evaluación del hábitat mostró que 10 tramos fluviales se consideraron regulares, 22 deficientes y 3 muy deficientes. Se recolectaron cincuenta especies y sus abundancias mostraron una fuerte correlación con los descriptores del hábitat. Además de la correlación entre la abundancia de peces y el hábitat, algunas especies también mostraron una distribución óptima en relación con el grado de conservación del hábitat físico. Los arroyos ubicados en esta región experimentan contaminación orgánica, pero el aspecto más importante es el deterioro de la condición del hábitat físico, especialmente en los arroyos de primer orden, lo que afecta negativamente a los sustratos gruesos y a las especies de peces que dependen de la columna de agua. El control de efluentes, los programas de restauración de la vegetación ribereña, el control de la sedimentación y el uso sostenible y adecuado del suelo son prácticas que podrían mitigar dichos impactos.