El eje de la vitamina D/receptor de vitamina D (VDR) es crucial para la salud humana, ya que regula la expresión de genes involucrados en diferentes funciones, incluyendo la homeostasis del calcio, el metabolismo energético, el crecimiento y la diferenciación celular, y las respuestas inmunitarias. En particular, el complejo vitamina D/VDR regula genes tanto de la inmunidad innata como de la adaptativa. Se cree que las enfermedades autoinmunitarias surgen de una predisposición genética y la presencia de desencadenantes como hormonas y factores ambientales. Entre estos, se ha sugerido repetidamente un papel para la vitamina D y moléculas correlacionadas con sus funciones. Cuatro polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) del gen, en particular, han sido asociados con trastornos autoinmunitarios. La presencia de alelos y genotipos específicos de SNP, por lo tanto, se observó que modula la probabilidad de desarrollar diversas condiciones autoinmunitarias, ya sea aumentándola o reduciéndola. En este trabajo, revisaremos la literatura científica que sugiere un papel para estos diferentes factores en la patogénesis de las condiciones autoinmunitarias y resumiremos la evidencia que indica una posible implicación de SNP en el inicio de estas enfermedades. Una mejor comprensión del papel de los mecanismos moleculares que vinculan la vitamina D/VDR y la autoinmunidad podría ser extremadamente útil en el diseño de nuevas vías terapéuticas para estos trastornos.