Los microorganismos simbióticos pueden proporcionar a sus hospedadores habilidades críticas para su ocupación de microhábitats. Las comunidades bacterianas intestinales ayudan a los animales a digerir sustratos que son innutritivos o tóxicos, así como a apoyar su desarrollo y fisiología. El papel de las comunidades microbianas asociadas con especies hermanas en la adaptación de los hospedadores sigue siendo en gran medida inexplorado. En este estudio, examinamos la composición y plasticidad de los bacteriomas en dos especies de gasterópodos intermareales hermanas, que son simpátricas pero difieren en microhábitats. Aplicamos la metabarcodificación del gen 16S rRNA y la secuenciación shotgun para describir las comunidades microbianas asociadas y su variación espacial y temporal. Se reveló una caída significativa en la diversidad del bacterioma intestinal durante la temporada fría, lo que puede reflejar cambios metabólicos relacionados con la temperatura y cambios en el comportamiento de los caracoles. Es importante destacar que hubo diferencias inter-especies significativas en la composición del bacterioma intestinal en verano, pero no en otoño. Los géneros fueron encontrados predominantemente asociados con , mientras que , , , y fueron encontrados mayormente asociados con . Basándonos en estas asociaciones preferenciales, analizamos el enriquecimiento de las vías metabólicas. Hipotetizamos que el bacterioma intestinal contribuye a descomponer algas y desintoxicar polifenoles producidos por fucófitos. Así, las diferencias en los conjuntos de bacterias asociadas pueden dotar a sus hospedadores estrechamente relacionados filogenéticamente de una habilidad única para ocupar micro-nichos específicos.