Este estudio analizó datos de la base de datos del National COVID Cohort Collaborative (N3C) para investigar si la lipoproteína de alta densidad (HDL) y su principal componente proteico, la apolipoproteína A1 (apoA1), están asociadas con secuelas severas de COVID-19, específicamente lesión renal aguda (AKI) y enfermedad severa de COVID-19, definida como la infección que resulta en hospitalización, oxigenación por membrana extracorpórea (ECMO), ventilación invasiva o muerte. Nuestro estudio incluyó un total de 1,415,302 sujetos con valores de HDL y 3589 sujetos con valores de apoA1. Niveles más altos de HDL y apoA1 se asociaron con una menor incidencia de infección, así como una menor incidencia de enfermedad severa. Niveles más altos de HDL también se asociaron con una menor incidencia de desarrollar AKI. La mayoría de las comorbilidades estaban negativamente correlacionadas con la infección por SARS-CoV-2, presumiblemente debido a los cambios de comportamiento que ocurrieron como resultado de las precauciones tomadas por individuos con comorbilidades subyacentes. Sin embargo, la presencia de comorbilidades se asoció con el desarrollo de enfermedad severa de COVID-19 y AKI. Las poblaciones afroamericanas e hispanas experimentaron peores resultados, incluyendo una mayor incidencia de infección y el desarrollo de enfermedad severa, así como AKI. Fumar y ser hombre se asociaron con una menor incidencia de infección, mientras que fueron factores de riesgo para el desarrollo de enfermedad severa y AKI. Los resultados sobre los medicamentos para el colesterol y la diabetes justifican una investigación adicional, dado que la base de datos incluía múltiples medicamentos en cada categoría, lo que dificulta el análisis de medicamentos específicos. A pesar de las limitaciones actuales en los datos de N3C, este estudio es el primero en investigar los roles de HDL y apoA1 en los resultados de COVID-19 utilizando datos de la población de EE. UU.