Una variedad de frutas y verduras, incluyendo tomates, pepinos, pimientos y lechuga, se cultivan en sistemas hidropónicos. Estos sistemas no contienen suelo y, en su lugar, utilizan una solución nutritiva en circulación para cultivar las plantas. La eliminación del suelo de los sistemas de cultivo cambia los organismos microscópicos que están presentes en las raíces de las plantas. Los hongos y los oomicetos, un organismo similar a un hongo, están presentes en estos sistemas. Algunos de estos organismos promueven el crecimiento de las plantas, mientras que otros causan enfermedades y pérdidas de cultivos. Este documento revisa la literatura actual sobre siete organismos que causan enfermedades en las plantas, así como cuatro organismos beneficiosos. Explicamos las estrategias que utilizan los hongos beneficiosos para ayudar a las plantas a crecer, incluyendo la eliminación directa de patógenos, el fortalecimiento del sistema inmunológico de la planta y la capacidad de la planta para obtener más nutrientes del medio ambiente. Además, explicamos cómo los fitopatógenos se propagan a través de los sistemas hidropónicos y destruyen el tejido vegetal. El objetivo de esta revisión es proporcionar a los lectores estrategias de manejo para reducir las enfermedades perjudiciales de las plantas en las operaciones hidropónicas, así como opciones beneficiosas para aumentar los rendimientos de los cultivos. Tanto los científicos como los cultivadores pueden beneficiarse de una comprensión completa de las interacciones entre plantas, hongos y oomicetos.