El gusano cacahuate es una especie intermareal importante en todo el mundo. Las especies que viven en la misma área de acuicultura podrían sufrir diferentes impactos ambientales. Para aumentar el conocimiento de los mecanismos moleculares subyacentes a la respuesta a las fluctuaciones ambientales, realizamos un análisis de transcriptoma de diferentes zonas intermareales utilizando una combinación de la plataforma SMRT y la plataforma de secuenciación Illumina. Se ensamblaron un total de 105,259 unigenes, y 23,063 unigenes fueron perfectamente anotados. Los resultados del PacBio Iso-Seq y IIIumina RNA-Seq enriquecieron la base de datos genética. Se detectaron un total de 830 DEGs en los diferentes grupos. En particular, 33 DEGs mostraron expresión diferencial en las nueve principales vías de KEGG relacionadas con patógenos, síntesis de proteínas y respuesta inmune celular y señalización. Los resultados indican que las diferentes zonas experimentan diferentes estrés ambientales. Varios DEGs en vías relacionadas con patógenos (influenza A, legionelosis, sarampión y toxoplasmosis) mostraron mayor expresión en los grupos M y L. Se enriqueció claramente en la mayoría de las vías, seguido de . Los resultados muestran que los gusanos cacahuate de los llanos mareales M y L podrían haber sufrido condiciones ambientales más severas. Algunos DEGs fueron regulados al alza en los gusanos cacahuate del llano mareal H, y estos DEGs estaban principalmente involucrados en la vía de señalización MAPK. Estos resultados indican que la vía MAPK puede desempeñar un papel vital en la respuesta inmune del gusano cacahuate a los efectos de diferentes llanos intermareales. Este estudio proporciona un valioso punto de partida para futuros estudios que aclaren la base molecular de la respuesta a diferentes estrés ambientales.