La resistencia a los medicamentos antipalúdicos se ha convertido en un verdadero problema de salud pública a pesar de las medidas de la OMS. Las nuevas tecnologías de secuenciación hacen posible investigar las variaciones genómicas asociadas con fenotipos resistentes a escala del genoma completo. Basado en el uso de nanoporos hemisintéticos, la tecnología PromethION de Oxford Nanopore Technologies puede producir secuencias de lectura larga, en contraste con las tecnologías de lectura corta utilizadas anteriormente como el estándar de oro para secuenciar Plasmodium. Se secuenciaron dos clones (3D7 y W2) en lectura larga utilizando el secuenciador PromethION de Oxford Nanopore Technologies sin amplificación genómica. Esto permitió crear un pipeline de análisis de procesamiento para humanos solo con ONT Fastq. La ensambladura reveló longitudes N50 de 18,488 kb y 17,502 kb para los clones 3D7 y W2, respectivamente. El tamaño del genoma se estimó en 23,235,407 pares de bases para el clon y 21,712,038 pares de bases para el clon W2. La profundidad promedio de cobertura del genoma se estimó en 787X y 653X para los clones 3D7 y W2, respectivamente. Este estudio propone un pipeline de procesamiento de ensamblaje para el genoma humano utilizando software adaptado a grandes datos de ONT y el alto porcentaje de AT. Esta búsqueda proporciona todos los parámetros que fueron optimizados para su uso con el software seleccionado en el pipeline.