Selección de aptámeros de ADN para el biomarcador CA125 del cáncer de ovario mediante SELEX de un solo paso y secuenciación de alto rendimiento

El CA125 es una glucoproteína mucina cuya concentración en suero se correlaciona con el riesgo de que una mujer desarrolle cáncer de ovario y también indica la respuesta a la terapia en pacientes diagnosticadas. La detección precisa de esta proteína grande y compleja en muestras de pacientes es de gran relevancia clínica. Sugerimos que el desarrollo de aptámeros de ácido nucleico con afinidad por el CA125 podría proporcionar nuevas y potentes herramientas de diagnóstico. En este artículo, presentamos nuestro uso de One-Pot SELEX para aislar aptámeros de ADN monocatenario con afinidad por el CA125, seguido de secuenciación de alto rendimiento de los oligonucleótidos seleccionados. Este enfoque rico en datos, combinado con herramientas bioinformáticas, permitió caracterizar todo el proceso de selección. Mediante anisotropía de fluorescencia y electroforesis capilar con sonda de afinidad, se evaluaron las afinidades de unión de cuatro aptámeros candidatos. Dos aptámeros, CA125_1 y CA125_12, ambos sin cebadores, se unieron a concentraciones clínicamente relevantes de la proteína diana. La presencia de iones Mg2 influyó de forma diferente en la unión, siendo necesaria para la unión de CA125_1 y anulando la unión de CA125_12. En conclusión, One-Pot SELEX resultó ser un método de selección prometedor que produjo aptámeros de ADN para una proteína diana clínicamente importante.

Autores: Delia J., Scoville; Tae Kyu Brian, Uhm; Jamie A., Shallcross; Rebecca J., Whelan