Las plantas miden la duración del día (fotoperíodo) para regular el crecimiento estacional y la floración. La floración fotoperiódica ha sido bien estudiada, pero se sabe menos sobre cómo el fotoperíodo afecta el crecimiento reproductivo después de la floración. En este estudio, investigamos los efectos del fotoperíodo en la formación de vainas durante el desarrollo de la soja. En comparación con las condiciones de días cortos, las condiciones de días largos extendieron el tiempo desde la floración hasta la formación de vainas y llevaron a la abscisión de la primera ola de flores. Sin embargo, transferir plantas de condiciones de días largos a días cortos puede revertir los fenotipos de formación de vainas retrasada y abscisión de flores causados por los días largos. Los niveles hormonales y los datos del transcriptoma indicaron que las hormonas, las vías de señalización de especies reactivas de oxígeno y la aplicación de sacarosa influyeron en la abscisión de los órganos florales. Esta investigación proporciona nuevas perspectivas sobre cómo el fotoperíodo regula el desarrollo reproductivo en la soja, lo que tiene un valor social significativo para mejorar la eficiencia de producción agrícola y optimizar el cultivo de soja.