Muchos estudios muestran que la complejidad del hábitat o la diversidad del hábitat desempeña un papel importante en la biodiversidad a través de diferentes escalas espaciales: a medida que aumenta la heterogeneidad estructural, también lo hace el número de hábitats (micro) disponibles para el inventario de especies potenciales. La capacidad de albergar especies (incluso especies raras) aumenta rápidamente con la creciente heterogeneidad del hábitat. Sin embargo, la complejidad del hábitat no es fácil de medir en sedimentos sublitorales marinos. En nuestro estudio, propusimos una metodología para estimar la complejidad del hábitat bentónico sublitoral utilizando técnicas estándar de video submarino. Esta herramienta se utilizó posteriormente para investigar el efecto de la complejidad del hábitat en la riqueza de especies en comparación con otros parámetros ambientales en un área marina protegida situada en el estrecho de Fehmarn, un estrecho angosto en el suroeste del mar Báltico. Nuestros resultados muestran que la riqueza de especies es significativamente mayor en sustratos heterogéneos en todos los tipos de sedimentos considerados. De manera congruente, la presencia de especies raras aumenta con la complejidad estructural. Nuestros hallazgos destacan la importancia de la disponibilidad de microhábitats para la biodiversidad bentónica, así como del área de estudio para el funcionamiento del ecosistema regional.