Análisis del transcriptoma del neuroblastoma de alto riesgo revela firmas de coexpresión génica y características funcionales
Autores: Martínez-Pacheco, Mónica Leticia; Hernández-Lemus, Enrique; Mejía, Carmen
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
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Citaciones: Sin citaciones
El neuroblastoma representa una expansión neoplásica de células de la cresta neural en el sistema nervioso simpático en desarrollo y es el tumor sólido extracraneal más común en la infancia. La heterogeneidad de la expresión génica en diferentes tipos de cáncer está bien documentada, y se han descrito características genéticas del neuroblastoma según la clasificación, el estadio de desarrollo, la malignidad y la progresión de los tumores. Aquí, nuestro objetivo es analizar conjuntos de datos de secuenciación de ARN, disponibles públicamente en el portal de datos GDC, de muestras de tumores de neuroblastoma de varios pacientes y compararlos con tejido normal de glándula suprarrenal del portal de datos GTEx para elucidar el perfil de expresión génica y las redes de regulación que comparten. Nuestros resultados de los análisis de expresión diferencial, red de correlación ponderada y enriquecimiento funcional que realizamos con los datos de conteo de muestras de neuroblastoma y glándulas normales estándar indican que el análisis de datos de transcriptoma de 58 pacientes diagnosticados con neuroblastoma de alto riesgo comparte el patrón de expresión de 104 genes. Más importante aún, nuestros análisis identifican la relación de coexpresión y el papel de estos genes en múltiples procesos biológicos y vías de señalización fuertemente asociadas con este fenotipo de enfermedad. Nuestro enfoque propone un grupo de genes y sus funciones biológicas para ser investigados más a fondo como moléculas esenciales y posibles objetivos terapéuticos del neuroblastoma, independientemente de la etiología de los tumores individuales.
Descripción
El neuroblastoma representa una expansión neoplásica de células de la cresta neural en el sistema nervioso simpático en desarrollo y es el tumor sólido extracraneal más común en la infancia. La heterogeneidad de la expresión génica en diferentes tipos de cáncer está bien documentada, y se han descrito características genéticas del neuroblastoma según la clasificación, el estadio de desarrollo, la malignidad y la progresión de los tumores. Aquí, nuestro objetivo es analizar conjuntos de datos de secuenciación de ARN, disponibles públicamente en el portal de datos GDC, de muestras de tumores de neuroblastoma de varios pacientes y compararlos con tejido normal de glándula suprarrenal del portal de datos GTEx para elucidar el perfil de expresión génica y las redes de regulación que comparten. Nuestros resultados de los análisis de expresión diferencial, red de correlación ponderada y enriquecimiento funcional que realizamos con los datos de conteo de muestras de neuroblastoma y glándulas normales estándar indican que el análisis de datos de transcriptoma de 58 pacientes diagnosticados con neuroblastoma de alto riesgo comparte el patrón de expresión de 104 genes. Más importante aún, nuestros análisis identifican la relación de coexpresión y el papel de estos genes en múltiples procesos biológicos y vías de señalización fuertemente asociadas con este fenotipo de enfermedad. Nuestro enfoque propone un grupo de genes y sus funciones biológicas para ser investigados más a fondo como moléculas esenciales y posibles objetivos terapéuticos del neuroblastoma, independientemente de la etiología de los tumores individuales.