Los ecosistemas de agua dulce, hogar de aproximadamente el 10% de las especies conocidas, están perdiendo biodiversidad debido a la alteración de la morfología de los ríos, la infraestructura hidráulica y la contaminación; sin embargo, la mayoría de los estudios de redes ecológicas (RE) se centran en sistemas terrestres y pasan por alto la conectividad hidrológica bajo la perturbación humana. Para abordar esto, diseñamos y probamos un marco dual de RE en la Zona de Demostración de Integración Ecológica Verde del Delta del Río Yangtsé, construyendo redes de agua dulce y terrestres de manera independiente antes de fusionarlas. Utilizando InVEST Calidad del Hábitat, MSPA, el modelo MCR y Linkage Mapper, delineamos fuentes y corredores: las fuentes de agua dulce combinaron indicadores NDWI-InVEST con una superficie de resistencia modificada y ponderada por compuertas, produciendo 78 parches (promedio de 348.7 ha) agrupados alrededor de lagos principales y 456.4 km de corredores (42.50% primarios). Las fuentes terrestres utilizaron NDVI-InVEST con una superficie de resistencia convencional, generando 100 parches más pequeños (promedio de 121.6 ha) dispersos por bosques y cinturones agrícolas y 658.8 km de corredores (36.45% primarios). Los modelos unificados suelen favorecer grandes fuentes de ecosistemas dominantes mientras pasan por alto pequeños parches de alto valor en sistemas no dominantes, generando corredores que abarcan hábitats de agua dulce y terrestres y desajustan los patrones de migración de especies. Nuestro marco dual refleja mejor las características de migración de las especies, captura con precisión los caminos de dispersión e integra con éxito parches clave de complejos agroforestales que los modelos unificados pasan por alto, proporcionando una herramienta práctica para la protección de la biodiversidad en paisajes de agua dulce-terrestres perturbados.