El atolón Yongle fue el atolón más grande de las Islas Xisha en el Mar de China Meridional, y era un ecosistema de arrecife de coral con importantes valores ecológicos y económicos. Para proteger y gestionar mejor los recursos pesqueros de arrecife de coral en el atolón Yongle, analizamos datos de encuestas de campo de la pesca artesanal, capturas y video submarino de 2020 a 2022 y combinamos investigaciones históricas para explorar los cambios en la composición de especies de peces y la estructura de la comunidad en el atolón Yongle durante los últimos 50 años. Los resultados mostraron que se encontraron un total de 336 especies de peces en el atolón Yongle, pertenecientes a 17 órdenes y 60 familias. Entre ellas, los Perciformes tenían la mayor cantidad de especies de peces, con 259 especies que representaban el 77.08% del número total de especies. El número de especies de peces en el arrecife de coral del atolón Yongle estaba correlacionado exponencialmente con su longitud máxima correspondiente y disminuye significativamente con su aumento. La estructura de la comunidad de peces del atolón Yongle cambió, y la proporción de peces carnívoros grandes disminuyó significativamente, mientras que la proporción de peces de tamaño pequeño y mediano aumentó. Al mismo tiempo, el atolón Yongle tiene 18 especies de peces listadas en la Lista Roja de la UICN, 15 de las cuales son peces grandes. La distintividad taxonómica promedio (Delta+, +) y la variación de la distintividad taxonómica (Lambda+, +) en 2020-2022 fueron más bajas que los datos históricos, y el número de órdenes, familias y géneros de peces en el atolón Yongle ha disminuido significativamente, lo que indica que las especies de peces de arrecife de coral actuales en el atolón Yongle tienen parientes más cercanos y una mayor uniformidad de especies de peces. Además, la similitud de las especies de peces en el atolón Yongle fue relativamente baja en varios períodos de tiempo, lo que demuestra aún más que la estructura de la comunidad de peces ha experimentado una variación significativa. En general, debido a múltiples impactos, como la sobrepesca, los métodos de pesca, los cambios ambientales y la degradación del hábitat, la composición de especies de peces del atolón Yongle puede haber evolucionado básicamente de carnívoros a herbívoros, de peces grandes a peces pequeños, y de complejidad a simplicidad, dejando al atolón Yongle en un estado inestable. Por lo tanto, necesitamos fortalecer el monitoreo continuo del ecosistema de arrecife de coral en el atolón Yongle para lograr la protección y restauración de su entorno ecológico y recursos pesqueros, así como la utilización y gestión sostenible.