El desarrollo de una producción de plantas y peces medioambientalmente sostenible en sistemas acuapónicos requiere una comprensión completa de los componentes biológicos de los sistemas. Para comprender mejor el papel de los microorganismos en esta asociación, estudiamos las comunidades bacterianas de las zonas seca, radicular y mineralizada de un sistema acuapónico de lecho medio inundable y drenaje. Las comunidades bacterianas se caracterizaron mediante metabarcodificación de las regiones V3-V4 del ARNr 16S obtenidas a partir de lecturas de Illumina MiSeq de extremo pareado. Las proteobacterias, actinobacterias y bacteroidetes representaron más del 90% de la comunidad total en la zona seca y el agua efluente. Estos filos también representaron más del 68% de la comunidad total en las zonas radicular y mineralizada. Los géneros Massilia, Mucilaginibacter, Mizugakiibacter y Rhodoluna fueron los más dominantes en las zonas seca, radicular y mineralizada y en el agua efluente, respectivamente. El número de unidades taxonómicas operativas (UTO) compartidas en las tres zonas fue de 241, lo que representa el 7,15% del total de UTO observadas. El número de OTU únicas en las muestras de la zona seca, la zona radicular, la zona mineralizada y el agua efluente fue de 485, 638, 445 y 383, respectivamente. Las muestras de la zona radicular albergaban comunidades más diversas que las de las zonas seca o mineralizada. Este estudio es el primero que informa sobre la comunidad bacteriana dentro de las zonas de un lecho de medios de inundación y drenaje. Por tanto, esta información acelerará potencialmente los estudios sobre otras comunidades microbianas implicadas en la bioconversión de compuestos nitrogenados y la mineralización dentro de este tipo de sistemas acuapónicos.
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