La larga historia de reproducción asexual del ajo mediante dientes de ajo ha dado lugar a la acumulación de virus y a la depresión genética. La propagación de plántulas de ajo mediante cultivo de tejidos puede eliminar los virus y mejorar la eficacia de la reproducción. Los bulbos aéreos son los materiales de primera elección para la reproducción de plántulas de ajo libres de virus en condiciones externas, pero muestran latencia al igual que los bulbos de ajo. Sin embargo, las bajas temperaturas pueden romper rápidamente la latencia. En esta investigación, se utilizó un método de secuenciación de alto rendimiento para secuenciar bulbos aéreos durante la latencia y después de la ruptura de la latencia inducida por baja temperatura para detectar los genes clave expresados diferencialmente (DEGs) asociados con la baja temperatura y proporcionar una base teórica para explorar el mecanismo molecular de la ruptura de la latencia del bulbo aéreo inducida por baja temperatura. Los resultados de la secuenciación del transcriptoma de alto rendimiento mostraron que 6.675 DEGs fueron regulados al alza y 36.596 DEGs fueron regulados a la baja en los bulbos aéreos sometidos a tratamiento de baja temperatura. A continuación, se asignaron 19.507 DEG a anotaciones KEGG, entre las cuales la mayoría de los DEG se asignaron a la vía del metabolismo (11.817 genes, con un 60,58%), seguida de la vía del procesamiento de la información genética (4.521 genes, con un 23,18%). Los DEG se concentraron principalmente en vías como el procesamiento de proteínas en el retículo endoplásmico, la interacción planta-patógeno, la transducción de señales de hormonas vegetales y la biogénesis de ribosomas en eucariotas, con un enriquecimiento significativo. Se seleccionaron los DEG clave relacionados con la señalización del calcio, la señalización hormonal y los factores de transcripción, incluidos CaM, CDPK y CML en vías accesorias de la señalización del calcio; GA20ox, GAI1 y GA2ox en vías accesorias de la señalización hormonal; y genes de factores de transcripción como MYB, AP2/ERF, bHLH, MADS y bZIP. Los resultados de la verificación qRT-PCR fueron coherentes con los resultados de secuenciación, lo que indica que los datos de secuenciación del transcriptoma eran precisos y fiables. Nuestros resultados proporcionan una base teórica para romper la latencia de los bulbos aéreos con un tratamiento a baja temperatura para producir plántulas libres de virus y aumentar la producción y la calidad del ajo.
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