La enfermedad de Newcastle (EN) causa importantes pérdidas económicas en la industria avícola de los países en desarrollo. En Kenia, a pesar de los rampantes brotes anuales de enfermedad de Newcastle, la aplicación de estrategias de control se ve obstaculizada por la falta de conocimientos adecuados sobre las cepas del virus circulantes y causantes de brotes. En este estudio se presentan las primeras secuencias genómicas completas del virus de la enfermedad de Newcastle en pollos de traspatio de Kenia. Los resultados mostraron que los tres aislados son virulentos, según lo evaluado por el tiempo medio de muerte (MDT) y el índice de patogenicidad intracerebral (ICPI) en huevos embrionados con anticuerpos específicos negativos (SAN) y pollos de 10 días de edad, respectivamente. Además, la secuencia de aminoácidos polibásica en el sitio de corte de la proteína de fusión tenía el motivo 112RRQKRFV118. Los hallazgos histopatológicos en pollos SPF de cuatro semanas de edad desafiados con los aislados KE001, KE0811 y KE0698 del virus de la enfermedad de Newcastle mostraron la afectación de múltiples órganos a los cinco días de la infección, observándose efectos graves en los tejidos linfoides y los vasos sanguíneos. El análisis de las secuencias genómicas obtenidas de los tres aislados mostró que tenían una longitud de 15192 pares de bases (pb) y presentaban características genómicas coherentes con otras cepas del VEN, siendo los sitios funcionales dentro de la secuencia codificante altamente conservados en la secuencia de los tres aislados. Los residuos de aminoácidos y las sustituciones en las proteínas estructurales de los tres aislados eran similares a los de la cepa tanzana del VEN recientemente aislada (Mbeya/MT15). Una matriz de similitud mostró una elevada similitud de los aislados con cepas del VEN de clase II genotipo V (89-90%) y subgenotipo Vd (95-97%). El análisis filogenético confirmó que los tres aislados están estrechamente relacionados con las cepas del genotipo V del VEN, pero forman un cluster distinto junto con las cepas del VEN de los países del este de África, Uganda y Tanzania, para formar el subgenotipo Vd recientemente caracterizado. Nuestro estudio proporciona la primera descripción de las características genómicas y patológicas del VEN del subgenotipo Vd y sienta las bases para comprender la dinámica evolutiva del VEN y, en particular, del genotipo V. Esta información será útil en el desarrollo de marcadores específicos para la detección de virus del genotipo V y la generación de vacunas de genotipo compatible.
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