La pirrolisina (Pyl), el vigésimo segundo aminoácido proteogénico, estaba restringido hasta hace poco a pocos organismos. Su uso traslacional requiere la presencia de enzimas para sintetizarlo a partir de la lisina, un ARNt supresor del codón de parada específico y una amino-acil ARNt sintetasa específica. Los tres genomas del recientemente propuesto séptimo orden de metanógenos relacionados con Thermoplasmata contienen el conjunto genético completo para la síntesis de Pyl y su uso traslacional. Aquí, hemos analizado las características genómicas del sistema de codificación de Pyl en estos tres genomas con los conocidos previamente de Bacterias y Archaea y analizamos la filogenia de cada componente. Esto muestra peculiaridades únicas, en particular un tRNAPyl ámbar con un tallo de anticodón imperfecto y una tRNAPyl sintetasa acortada. El análisis filogenético indica que un sistema de codificación de Pyl estaba presente en el ancestro del séptimo orden de metanógenos y parece estar más estrechamente relacionado con las Bacterias que con las Metanosarcináceas, lo que sugiere la participación de la transferencia lateral de genes en la difusión de la pirrolisina entre los dos dominios procariotas. Proponemos que el sistema de codificación de la pirrolisina probablemente surgió una vez en Archaea, en un metanógeno hidrogenotrófico y dependiente del metanol-H2. La estrecha relación entre la metanogénesis y el sistema Pyl proporciona un posible ejemplo de expansión de un código genético aún en evolución, moldeado por los requisitos metabólicos.
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