Las endoisopeptidasas de pseudomureína causan la lisis de las paredes celulares de los metanógenos al escindir el enlace isopéptido Ala-ε-Lys en la cadena peptídica de la pseudomureína. PeiW y PeiP son dos endoisopeptidasas de pseudomureína termoestables codificadas por el fago ΨM100 de Methanothermobacter wolfei y los fagos ΨM1 y ΨM2 de Methanothermobacter marburgensis, respectivamente. Se desarrolló un ensayo continuo utilizando sustratos peptídicos sintéticos y se utilizó en la caracterización bioquímica de PeiW y PeiP recombinantes. Las ventajas de estos sustratos peptídicos sintéticos sobre los naturales son la sensibilidad, la alta pureza y la caracterización y el hecho de que son más fáciles de obtener que los sustratos naturales. En presencia de un agente reductor, el PeiW y el PeiP purificados mostraron una actividad similar en condiciones aeróbicas y anaeróbicas. Ambas enzimas requerían un metal divalente para su actividad y mostraron una mayor termoestabilidad en presencia de Ca2 . PeiW y PeiP implican un residuo de cisteína en la catálisis y tienen una conformación nativa monomérica. Se determinaron los parámetros cinéticos, KM y kcat, y se confirmó que el enlace ε-isopeptídico entre la alanina y la lisina es el enlace lisado por estas enzimas en la pseudomureína. El nuevo ensayo puede tener aplicaciones más amplias para el estudio general de las peptidasas y la identificación de metanógenos específicos susceptibles de ser lisados por endoisopeptidasas específicas de la pseudomureína.
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