Eupolyphaga sinensis Walker es una valiosa medicina animal tradicional china registrada por primera vez en Shennong Bencao. Investigaciones anteriores han demostrado que la E. sinensis se contamina fácilmente con aflatoxinas (AF), que son micotoxinas altamente tóxicas, durante la cosecha, el almacenamiento y el transporte, lo que supone una amenaza considerable para la salud de los consumidores. En la mayoría de los casos, estas AF son producidas por especies de Aspergillus. En este estudio, contrastamos el método tradicional de cultivo en placa por dilución con la tecnología de secuenciación de alto rendimiento (HTS) para la identificación de hongos en TCM E. sinensis. Ambos métodos utilizaron el espaciador transcrito interno 1 (ITS1) y la secuenciación de calmodulina (CaM) para la identificación molecular fúngica. El nuevo cebador CaM que diseñamos en el estudio es adecuado para la secuenciación MiSeq PE300 utilizada para la identificación de especies de Aspergillus en muestras de ADN comunitario. Se encontraron más especies fúngicas en las muestras de E. sinensis basadas en HTS que las encontradas utilizando el método de cultivo por dilución en placa. En general, la combinación del poder de secuenciación de ITS1 y CaM es un método eficaz para la detección y el seguimiento de posibles especies toxigénicas de Aspergillus en E. sinensis. En conclusión, el HTS puede utilizarse para obtener una gran cantidad de datos de secuenciación sobre hongos que contaminan la medicina animal, permitiendo una detección más temprana de posibles hongos toxigénicos y garantizando la producción eficiente y la seguridad de E. sinensis.
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