La cuenca de Cuatro Ciénegas (CCB) es un reservorio de biodiversidad dentro del desierto Chihuahuense que incluye varios sistemas hídricos sujetos a una marcada estacionalidad. Mientras que varios estudios se han centrado en inventarios de biodiversidad, este es el primer estudio que describe los cambios estacionales en la diversidad dentro de la cuenca. Tomamos muestras de poblaciones de Pseudomonas de un sistema de agua estacionalmente variable en cuatro fechas de muestreo diferentes (agosto de 2003, enero de 2004, enero de 2005 y agosto de 2005). Se obtuvo un total de 70 aislados de Pseudomonas a lo largo de las estaciones, se genotipificaron mediante huella dactilar (BOX-PCR) y se caracterizaron taxonómicamente mediante secuenciación del ADNr 16S. Encontramos 35 genotipos únicos, y dos linajes numéricamente dominantes (secuencias 16S rDNA) que constituían el 64% de la muestra: P. cuatrocienegasensis y P. otitidis. No recuperamos genotipos en todas las estaciones, pero los linajes se repitieron en todas ellas; P. cuatrocienegasensis se aisló exclusivamente en invierno, mientras que P. otitidis sólo se recuperó en verano. Estadísticamente demostramos que la identidad taxonómica de los aislados no es independiente de la estación de muestreo, y que las poblaciones de invierno y verano son diferentes. Además de la descripción genética de las poblaciones, mostramos medidas exploratorias de las tasas de crecimiento a diferentes temperaturas, lo que sugiere diferencias fisiológicas entre las poblaciones. En conjunto, los resultados indican cambios estacionales en la diversidad de las poblaciones de Pseudomonas acuáticas de vida libre de CCB.
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