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Effect of Base Sequence on G-Wire Formation in SolutionEfecto de la secuencia de bases en la formación del hilo G en solución

Resumen

La formación y las dimensiones de los hilos G por diferentes secuencias cortas de ADN rico en G en solución se investigaron mediante dispersión dinámica de luz (DLS) y electroforesis en gel de poliacrilamida (PAGE). Para explorar los principios básicos de la formación de hilos, se estudiaron los efectos de la secuencia de bases, el método de preparación, la temperatura y la concentración de oligonucleótidos. Tanto la DLS como la PAGE muestran que el recocido térmico induce mucho menos autoensamblaje macromolecular que la diálisis. El grado de ensamblaje y, en consecuencia, la longitud de los hilos G (5-6 nm) están bien resueltos por ambos métodos para las secuencias de ADN de longitud intermedia, mientras que aparecen algunas discrepancias para las secuencias más cortas y más largas. Como era de esperar, la secuencia de ADN más larga da los agregados macromoleculares más largos, con una longitud de unos 11 nm estimada por DLS. Las topologías cuadruplex no muestran dependencia de la concentración en el rango de concentración de ADN investigado (0,1 mM-0,4 mM) y no se producen cambios estructurales con el calentamiento.

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