Resumen

El diseño multiestado se define como el diseño computacional de las conformaciones para una proteína. Este trabajo tiene como objetivo demostrar la utilidad del algoritmo RECON (REstrained CONvergence) para evaluar de manera simultánea la secuencia de proteínas grandes que experimentan cambios conformacionales sustanciales. El algoritmo mejora de manera significativa la similitud con las preferencias de mutación evolutiva de los perfiles de mutación seleccionados por SSD (diseño de estado único) mediante la selección de secuencias que son energéticamente favorables para un conjunto de interacciones de cadenas laterales locales. Además, la nueva desviación de proximidad de contacto descrita en este documento permite la comparación de conjuntos de proteínas, suponiendo que tengan una longitud similar pero no una secuencia, al cuantificar la reubicación específica de la posición debido a uno o más cambios conformacionales.

• Materias:Aminoácidos Bioingeniería Ingeniería biomédica Ingeniería genética Proteínas
• Subjects:Amino acids Bioengineering Biomedical engineering Genetic engineering Proteins
• Palabras claves:Funciones matemáticas; Alineación de secuencias; secuenciación de proteínas; virus de la gripe A; bases de datos de mutaciones; Sustitución de aminoácidos; diseño macromolecular; Comparación de la estructura de proteínas
• Keywords:Mathematical functions; Sequence alignment; Protein sequencing; Influenza A virus; Mutation databases; Amino acid substitution; Macromolecular design; Protein structure comparison