En los últimos treinta años, desde los albores de los estudios metagenómicos, se ha revelado un (micro)universo completamente nuevo, con el potencial de tener profundas repercusiones en muchos aspectos de la sociedad. Notablemente, el estudio del microbioma humano proporcionó una nueva perspectiva sobre una miríada de rasgos humanos que antes se consideraban únicamente codificados (epi-) genéticamente, como la susceptibilidad a las enfermedades, la respuesta inmunológica y los comportamientos sociales y nutricionales. En este contexto, la metagenómica ha establecido un poderoso marco para comprender las intrincadas conexiones entre las sociedades humanas y las comunidades microbianas, permitiendo en última instancia optimizar tanto la salud como la productividad humanas. Así, hemos pasado del antiguo concepto de los microbios como organismos nocivos a un panorama más amplio, en el que la señal de la relación entre humanos y microbios es flexible y depende directamente de nuestras propias decisiones y prácticas. Paralelamente, la metagenómica también ha venido desempeñando un papel fundamental en la prospección de características genéticas "ocultas" y el desarrollo de aplicaciones biotecnológicas, mediante el descubrimiento de nuevos genes, enzimas, vías y moléculas bioactivas con funciones bioquímicas completamente nuevas o mejoradas. Por lo tanto, esta revisión destaca los principales hitos de las tres últimas décadas de la metagenómica, proporcionando una visión tanto de sus potencialidades como de los retos actuales.
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