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Is Subcellular Localization Informative for Modeling Protein-Protein Interaction Signal?¿Es informativa la localización subcelular para modelar la señal de interacción proteína-proteína?

Resumen

Los métodos estadísticos se han aplicado intensamente en el procesamiento de señales genómicas (Dougherty et al. 2005). En el caso de la levadura en ciernes Saccharomyces cerevisiae, con alrededor de 6000 proteínas, recientemente se ha dispuesto de datos sobre la interacción proteína-proteína (PPI) en todo el genoma (Fromont-Racine et al. 2000, Ito et al. 2001, Newman et al. 2000, y Uetz et al. 2000 entre otros) y la localización subcelular de proteínas (PSL) (Huh et al. 2003), y para esta última se ha comprobado experimentalmente la presencia de 4152 proteínas en cada uno de los 22 compartimentos subcelulares. Trabajos recientes muestran que múltiples fuentes biológicas son útiles tanto para las predicciones de PSL como de PPI, y este trabajo estudia la viabilidad estadística de modelar PPI a partir de PSL, ya que los PSL pueden desempeñar diferentes papeles marginales o conjuntos en la compleja red reguladora. Sin embargo, nuestros resultados indican que PSL puede ser controvertido para este propósito como fuente independiente.

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