Las infecciones respiratorias agudas (IRA) son uno de los principales problemas de salud pública en los países en desarrollo como Nepal. Además de la gripe, otros patógenos son responsables de infecciones respiratorias agudas en niños. La etiología de las infecciones no está bien caracterizada en el curso del tratamiento clínico, por lo que se utilizan agentes antimicrobianos empíricos. El objetivo de este estudio era caracterizar la gripe y otros patógenos respiratorios mediante un ensayo de PCR en tiempo real. Se seleccionó un total de 175 muestras de hisopos faríngeos de casos positivos de gripe recogidos en el Centro Nacional de Gripe de Nepal durante la temporada de invierno 2015/16 para detectar otros copatógenos respiratorios. Se extrajo el ácido nucleico total con el minikit Pure Link viral RNA/DNA (Invitrogen) y se realizaron ensayos RT-PCR multiplex. Se hallaron virus de la gripe A y B en 120 (68,6%) y 55 (31,4%) especímenes, respectivamente, entre los cuales se encontraron coinfecciones en 106 (60,6%) especímenes. Entre los casos positivos de gripe A, 25 (20,8%) eran A/H1N1 pdm09 y 95 (79,2%) eran subtipos A/H3. Los virus coinfectados frecuentemente con el virus de la gripe en niños fueron rinovirus (26; 14,8%), virus respiratorio sincitial A/B (19; 10,8%), adenovirus (14; 8,0%), coronavirus (CoV)-HKU1 (14; 8.0%), CoV-OC43 (5; 2,9%), CoV-229E (2; 1,1%), metapneumovirus A/B (5; 2,9%), bocavirus (6; 3,4%), enterovirus (5; 2,9%), virus de la parainfluenza-1 (3; 1,7%) y virus de la parainfluenza-3 (2; 1,1%). La coinfección de Mycoplasma pneumoniae con el virus de la gripe se detectó en niños (5; 2,8%). La mayoría de las infecciones víricas se produjeron en niños menores de 5 años. Además del virus de la gripe, se detectaron nueve patógenos respiratorios diferentes, de los cuales las coinfecciones por rinovirus y virus respiratorio sincitial A/B se dieron predominantemente en niños. Este estudio nos proporciona mejor información sobre el perfil de patógenos respiratorios y las combinaciones de coinfecciones, que son importantes para el diagnóstico y el tratamiento de las IRA.
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