Los datos morfológicos y de secuencias de ADN se han utilizado para proponer hipótesis de parentesco dentro de los Characiformes, con una mínima discusión comparativa de las causas que subyacen a los principales patrones de diversificación intraordinal. Exploramos los posibles factores morfológicos primarios que controlan el proceso de diversificación temprana en algunos characiformes neotropicales como primer paso para identificar los factores que contribuyen a la pronunciada diversidad morfológica y de especies intraordinal. Una reconstrucción filogenética basada en los genes 16S rDNA (mitocondrial) y 18S rDNA (nuclear) proporcionó el marco para la identificación de las principales diferencias morfológicas entre los Acestrorhynchidae, Anostomidae, Characidae, Ctenoluciidae, Curimatidae, Cynodontidae, Gasteropelecidae, Prochilodontidae y Serrasalmidae. Los resultados indican una división inicial en dos grandes grupos: (i) especies con aletas dorsales largas en relación con el tamaño de otras aletas (Curimatidae, Prochilodontidae, Anostomidae, Serrasalmidae) que habitan principalmente en lagos, pantanos y ríos (linaje I); y (ii) especies con aletas dorsales cortas (Acestrorhynchidae, Gasteropelecidae, Characidae) que habitan principalmente en arroyos y riachuelos (linaje II). La segunda etapa de diversificación en el linaje I implicó una diversificación morfológica sustancial asociada a diferencias de nicho trófico entre las familias monofiléticas, que van desde detritívoros a grandes depredadores. La no monofilia de los Characidae complicó los análisis dentro del linaje II, pero dio lugar a agrupaciones basadas en diferencias en el tamaño de las aletas pectorales y anales correlacionadas con diferencias en el estilo de vida.
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