El contraste de fase en el modo de contacto periódico-AFM viene determinado por las propiedades topográficas, viscoelásticas y adhesivas de las muestras. La interpretación de las imágenes no es sencilla, a menos que previamente se defina bien el procedimiento de adquisición de imágenes, eligiendo adecuadamente el ángulo de fase θ entre la onda aplicada al piezo conductor y la onda de salida del fotodetector. El efecto de la topografía sobre el contraste de fase es mínimo sólo si las dos ondas senoidales (oscilación de la sonda y respuesta del fododetector) son ortogonales. Eligiendo θ = -90°, los dominios más brillantes de la imagen son más disipativos que los más oscuros, pero se observa lo contrario utilizando θ = +90°. Esta regla se obtiene a partir de un sencillo análisis del funcionamiento del instrumento, y se verifica experimentalmente con una muestra preparada recubriendo parcialmente una lámina de mica con una película de caucho natural moldeada a partir de una solución. Se obtuvieron imágenes de tres películas de látex diferentes que revelaron patrones de dominios distintos: en un látex de copolímero sintético se observan dominios más duros en una matriz más blanda, mientras que el látex de caucho natural (NRL) tiene dominios más blandos en un continuo más duro, y una película compuesta de NRL y polifosfato sódico se forma interpenetrando dominios más duros y más blandos.
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