Los hongos constituyen una parte importante del ecosistema del suelo, ya que desempeñan un papel clave en la descomposición, los procesos de ciclado y las interacciones bióticas. Los métodos moleculares se han utilizado para evaluar las comunidades fúngicas, proporcionando una visión más realista de su diversidad. Para ello, se extrajo ADN total de suelos cultivados con tomate (STC), hortalizas (SHC) y bosque nativo (SMS) de tres sitios de la cuenca del río Taquara Branca en el condado de Sumaré, estado de São Paulo, Brasil. Este ADN metagenómico se utilizó como plantilla para amplificar las secuencias de ADNr 18S de los hongos, y se construyeron bibliotecas en Escherichia coli clonando los productos de la PCR. Los insertos plasmídicos fueron secuenciados y comparados con secuencias conocidas de ADNr en la base de datos GenBank. De los clones secuenciados, 22 se obtuvieron de la muestra SMS, 18 de la muestra SHC y 6 de la muestra STC. Aunque la mayoría de las secuencias de los clones no coincidían con las presentes en la base de datos, las secuencias individuales amplificadas coincidían con Glomeromycota (SMS), Fungi incertae sedis (SMS) y Neocallimastigomycota (SHC). La mayoría de las secuencias de los taxones amplificados representan hongos no cultivados. El análisis molecular de la varianza (AMOVA) indicó que las fluctuaciones observadas de los haplotipos en la composición pueden estar relacionadas con la aplicación de herbicidas.
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